四川省农业科学院农产品加工研究所于2009年11月经中共四川省委机构编制委员会办公室批复，由原实验场更名成立。内设机构包括：职能管理部门、研究中心、院基地管理中心（挂靠）。
职能管理部门包括所党政管理办公室、科技管理办公室、科技产业中心、条财管理办公室、后勤管理中心。
加工所现有在职职工67人，其中行政人员9人，专技人员35人，工勤人员23人。全所共有研究员4人，副研究员7人，博士研究生10人，硕士研究生23人。
围绕川果、川菜、川粮油、川茶、川药和冷链物流“5+1”现代农业产业体系，组建五大研究中心：果蔬贮藏加工研究中心、发酵食品研究中心、粮油加工研究中心、功能食品研究中心以及保鲜与物流研究中心。主要开展果蔬采后商品化处理技术研究、设施设备建设与应用管理、冷链物流、精深加工研究与产品开发，以郫县豆瓣、传统泡菜等为代表的传统发酵食品加工技术研究，菜籽油物理压榨工艺优化及适度精炼技术、薯类主食化及面食加工工艺研究，药食同源及营养健康产品开发和功效评价等研究。
现有实验室和中试车间2300M2，科研仪器设备290台/套，价值2200余万元。拥有农产品贮藏加工中试车间、鲜切加工中试车间、冷榨油加工中试车间、主食加工中试车间、发酵加工中试车间。建有四川省果蔬功能食品加工技术工程实验室、国家油菜工程技术研究中心成果转化示范基地、农业部国家薯类加工技术研发分中心、四川省农业科学院传统发酵食品创新研究开发中心、四川省农业科学院功能食品研究开发中心5个科研平台。发起成立了西部地区省级农科院农产品加工科技创新联盟。
近年来，先后承担及参与国家自然科学基金、国家科技支撑计划课题、省科技重大专项等项目400余项，累计到位经费6000余万元。获得神农中华农业科技奖一等奖1项、四川省科技进步三等奖3项、成都市科技进步奖3项，发表论文170余篇，SCI收录27篇，核心期刊100余篇；开发各类产品60余个，已形成一批专利技术，在科技成果转化和企业技术服务中发挥了重要作用。
四川省农业科学院基地管理机构由加工所代管，下设新都基地管理中心、郫都基地管理中心和科普培训中心，主要负责为农科院3000多亩的科研试验基地提供服务和保障、开展科普宣传等工作，详细介绍见院网基地管理机构相关内容。